i-gotU GPSロガーは超小型GPSチップを使用し小型化に特化した製品です
ちなみにカーナビもGPSを機能を利用しており、フィルムアンテナや、棒型アンテナを用いる事で、詳細な場所データを衛星から取得しています。
カーナビをお使いの方でしたらご存じかと思いますが、大きなアンテナをつけていても電波妨害や、電磁波が強い場所では位置情報は著しく異なる場合があります。
その為、通常の車に搭載されたGPSや、数万円もする大型GPS専用機器と異なり、あくまでも、だいたいの位置情報を取得するものと考えてご使用ください。
位置情報を取得しても、遮蔽物の多い場所やビル内の駐車場では、ポイントを記録できません。
※ビルから電磁波が発生している場合もございます。

よく登山で、山の中で使っていて、ポイントが飛ぶというお話を伺いますが、山は特に、高い木が茂っていたり、磁場が発生している場所がございます。
次に見通しのいい場所でログを取れた位置に移動する際は、上記のような理由が発生している可能性があります。。